I documenti più antichi ci parlano di una abbazia benedettina di “Sancta Maria plani Molearum” presente verso la metà del dodicesimo secolo ed ubicata in mezzo ad una selva detta “Santa”, poco distante dal fiume Esino, dalla cui sponda - ricoperta di vegetazione palustre, detta nella dizione locale “moja” - prese il nome. Ricca di monaci per oltre due/tre secoli, rimase deserta a metà del Quattrocento.

 Fu istituita come parrocchia il 4 agosto 1600.

La struttura dell’abbazia ha subito nei secoli diversi interventi di restauro. Il primo nel 1524, come testimonia una lapide posta sopra l’arco dell’atrio, quando per realizzare l’alloggio per il cappellano fu deturpata la facciata costruendo la canonica e demolite le due antiche torri medievali, probabilmente crollate o fortemente danneggiate.

Tra il Quattrocento e il Cinquecento la chiesa venne intonacata. Nel Settecento crollarono il chiostro ed il monastero posto sul lato destro. Nel 1755 ancora un restauro per il pericolo di crolli, causato forse da alcune inondazioni.

 Ancora lavori di restauro alla chiesa e all’altare nel 1788. Nella penultima decade dell’Ottocento si

incominciò a togliere l’intonaco con lavori di rimaneggiamento e restauro più profondi condotti dal 1919 al 1924.

Di recente, nel 1988, si è intervenuti restaurando il tetto e le finestre.

Dal punto di vista architettonico S. Maria delle Moie è una chiesa romanica di grande interesse: si compone di due parti distinte, la chiesa vera e propria e l’avancorpo, detto anche corpo occidentale o corpo di facciata.

Costruita con blocchetti regolari di pietra calcarea, riprende la pianta a croce greca inscritta della chiesa di San Vittore delle Chiuse (Genga-Frasassi), dalla quale non si discosta nemmeno per le dimensioni misurando m. 14,50 di lato: quattro pilastri centrali e cinque absidi, delle quali tre nel

lato posteriore e una in ciascuno dei fianchi.

 Una tipologia che si ricollega architettonicamente alla chiesa di San Claudio al Chienti. All’esterno la chiesa assume un aspetto basilicale, con la navata centrale più elevata delle navate laterali

e posteriormente cuspidata; le tre navate sono concluse da altrettanti absidi di cui quella centrale è di dimensioni maggiori, ciascuna delle tre absidi posteriori è fiancheggiata da robusti contrafforti. Una cornice di archetti pensili di pietra bianca si dispone sotto la gronda delle navate laterali

e del lato sinistro della navata centrale creando “un elegante contrappunto cromatico sul paramento murario scompaginato invece con blocchetti di calcare rosa”.

La parte occidentale o di facciata, pur sfigurata nella sua parte superiore, è una struttura interessante e rara, coeva alla chiesa, di cui eguaglia la larghezza e da cui si protende in avanti per circa sette metri. Nella parte inferiore di questo avancorpo si apre al centro un arco a tutto sesto che immette in un atrio di pianta quadrata, coperto da una crociera, in fondo al quale si trova il portale della chiesa con tre archivolti dei quali l’esterno e l’interno

decorati a fogliame “di stile palesemente gotico”.

 L’atrio è fiancheggiato da due ambienti di uguale pianta, quello di destra è dotato di feritoie, in quello di sinistra si leva una scala a chiocciola che giunge fin quasi al piano sovrastante: i due ambienti sarebbero, secondo alcuni studiosi, le basi superstiti delle due torri medievali della facciata.